Budaya pemula kedua yang paling popular dan sering digunakan selepas jenis mesofilik adalah bakteria termofilik. Mereka mempunyai sejumlah ciri penggunaan dan prosedur pengeluaran.
Tidak seperti fermentasi mesofilik yang lebih biasa, yang ditambahkan ke dalam susu yang dipanaskan hingga 25-30 darjah Celsius, termofilik "bertolak ansur" 30-40 darjah dan banyak lagi. Kurang kerentanan terhadap keadaan suhu menjadikan jenis bahan keju yang terakhir sangat diperlukan dalam pengeluaran keju ekstrak yang disebut, sangat popular di Itali, dan juga jenis pemanasan semula. Ini termasuk jenis "Mozzarella", "Provolone", "Romano" dan pelbagai jenis yang dihasilkan secara tradisional di Switzerland.
Strain bakteria utama yang digunakan dalam penyediaan permulaan termofilik adalah Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii ssp.bulbaricus dan Lactobacillus helveticus. Mereka bertahan dan berinteraksi dengan baik dengan susu pada suhu hingga 65 darjah Celsius. Pada suhu yang lebih rendah, pencampuran kultur starter termofilik dengan yang mesafilik tidak dikecualikan.
Sekiranya anda ingin membuat keju buatan sendiri yang sederhana atau versi separa keras seperti "Gouda", maka anda tidak memerlukan kultur pemula termofilik. Perkara yang sama berlaku untuk varieti dengan pelbagai jenis acuan - putih, biru, hijau atau merah-oren. Dalam kes ini, anda hanya perlu membeli budaya pemula mesofilik biasa.